Kongore so prvič srečali Evropejci v 16. stoletju. Leta 1562 je španski raziskovalec Juan Pardo obiskal njihovo vas, ki jo je opisal, da se nahaja na visokem blefu s pogledom na reko. Congores so bili prijazni do Špancev in jim dali hrano in zaloge.
V začetku 17. stoletja so kongore napadli Irokeji, ki so si prizadevali razširiti svoje ozemlje. Congoreji so bili prisiljeni opustiti svojo vas in se preseliti na jug. Leta 1670 so se naselili na reki Santee, kjer so živeli naslednjih 50 let.
Leta 1715 so kongore spet napadli Irokeji, ki so bili povezani z Britanci. Kongore so bili poraženi in njihova vas je bila uničena. Preživeli so pobegnili v Waxhaws, ki so bili podskupina Catawba, ki živi v Severni Karolini.
Congoreji so se na koncu asimilirali v pleme Catawba, njihov jezik in kultura pa sta bila izgubljena. Vendar se njihovo ime še vedno spominja v imenih več krajev v Južni Karolini, vključno z nacionalnim parkom Congaree in reko Congaree.