Ogrožene vrste, ki jih zdaj najdemo le v živalskih vrtovih, pogosto izvirajo iz majhnih, izoliranih populacij, ki so bile zmanjšane na kritično nizko število zaradi različnih dejavnikov, kot so izguba habitata, lov in prekomerno izkoriščanje. Ko so te vrste pripeljane v živalske vrtove za namene ohranjanja in razmnoževanja, lahko nosijo le delček genske raznolikosti, ki je obstajala v divji populaciji.
Ko se te vrste razmnožujejo v ujetništvu, postane omejena genetska variacija še bolj koncentrirana, kar povzroči izgubo alelov in zmanjšano gensko raznolikost. Sčasoma ima to lahko škodljive učinke na sposobnost vrste, da se prilagodi spreminjajočim se okoljskim razmeram, in povečano dovzetnost za bolezni, zaradi česar postanejo bolj ranljive za izumrtje.
Da bi ublažili učinke učinka ustanovitelja in ohranili gensko raznovrstnost, programi ohranjanja v živalskih vrtovih pogosto izvajajo strategije, kot so selektivna vzreja, upravljanje populacije in genetsko reševanje. Namen teh ukrepov je vnesti nov genski material v populacije v ujetništvu, ohraniti genetsko raznolikost in zmanjšati tveganje za depresijo v sorodstvu in druge genetske težave, ki lahko nastanejo zaradi nizke genetske variacije.