Glavna grožnja lisicam fenekom je izguba njihovega življenjskega prostora. Lisice fenec živijo v severni Afriki in na Bližnjem vzhodu, kjer njihov življenjski prostor hitro uničujejo človeške dejavnosti, kot so kmetijstvo, urbanizacija in rudarstvo. Ker je njihov življenjski prostor uničen, so lisice feneke prisiljene seliti na vedno manjša območja, zaradi česar so bolj ranljive za plenilce in bolezni.
Lov in past
Lisice fenek lovijo in ujamejo tudi zaradi krzna. Njihovo krzno se uporablja za izdelavo oblačil in drugih izdelkov. Na nekaterih območjih lisice feneke lovijo tudi športno.
Podnebne spremembe
Podnebne spremembe so tudi velika grožnja lisicam fenekom. Podnebne spremembe povzročajo širjenje puščave Sahara, kar zmanjšuje količino habitata, ki je na voljo lisicam fenekom. Podnebne spremembe povzročajo tudi vse pogostejše in hujše suše, zaradi katerih lahko fenek lisice težko najdejo hrano in vodo.