lov in lov: Filipinski jelen se lovi za svoje meso, kožo in rogove. Lov na jelene je priljubljena zabava na Filipinih, uveljavljanje lovskih predpisov pa je šibko. Poaching je tudi velik problem, saj jeleni na lokalnih trgih pogosto ubijejo za prodajo.
bolezen: Filipinski jelen je tudi dovzeten za različne bolezni, tako uvedene kot endemične. Ena najresnejših groženj je bolezen stopala in usta, ki lahko povzroči hude bolezni in celo smrt pri jelenih.
Konkurenca z drugimi vrstami: Filipinski jelen se sooča tudi s konkurenco za hrano in vire drugih vrst, vključno z uvedenimi vrstami jelenov, kot sta jelena Rusa in Sika. Te uvedene vrste lahko presežejo filipinske jelene za hrano in habitat, prav tako pa lahko prenašajo bolezni.
Filipinski jelen je ogrožena vrsta, njena populacija pa hitro upada. Če ne sprejmejo učinkoviti ukrepi za ohranjanje, bo verjetno v naravi izumrl.