- Izguba in degradacija habitata: Afriški pingvini se zanašajo na obalne habitate za vzrejo, gnezdenje in hranjenje, vendar te habitate ogrožajo človeške dejavnosti, kot so obalni razvoj, onesnaževanje in prekomerno ribolov. Zlasti obalni razvoj je povzročil uničenje ali razdrobljenost gnezdilnih mest.
- Overfing: Afriški pingvini ogrožajo tudi prekomerno ribolov, saj se za svojo prehrano zanašajo na ribe. Prekomerno ribolov lahko zmanjša razpoložljivost hrane za afriške pingvine in jim oteži preživetje. Nekatere ribje vrste, na katere se zanašajo afriški pingvini, se preplavijo zaradi porabe in rekreacijskih namenov.
- Podnebne spremembe: Podnebne spremembe so še ena velika grožnja afriškim pingvinom. Naraščanje morske gladine in spremembe temperatur oceana lahko motijo plemenski cikel pingvinov, zmanjšajo oskrbo s hrano in vodijo do uničenja njihovih gnezdilnih mest.
- onesnaževanje: Onesnaževanje iz različnih virov, vključno z razlitjem nafte, plastičnimi odpadki in izpustom odplak, lahko negativno vpliva tudi na afriške pingvine. Razlivanje nafte lahko premaže svoje perje, zaradi česar ne morejo uravnavati telesne temperature in vodoodporna telesa, kar vodi v smrt. Plastične odpadke lahko zaužijejo pingvine in povzročajo blokade v prebavnih traktih, izcedek odplak pa lahko onesnaži njihove vire hrane.
- Plening: Afriški pingvini se soočajo z grožnjami plenilcev, tako na kopnem kot na morju. Na kopnem jih lahko napadejo mongoosi in mačke, medtem ko jih na morju lahko plenijo morski psi in drugi veliki morski plenilci.
Vsi ti dejavniki so prispevali k upadu afriškega populacije pingvinov, kar je privedlo do njihove klasifikacije, ki jo je Mednarodna unija ogrožala za ohranjanje narave (IUCN). V teku so prizadevanja za reševanje teh groženj in zaščiti preostalega afriškega populacije pingvinov.