* Izguba habitata: Uničenje majhnega modrega pingvinskega habitata je velika grožnja za vrsto. To lahko povzročijo številni dejavniki, vključno z obalnim razvojem, onesnaževanjem in podnebnimi spremembami.
* bolezen: Majhni modri pingvini so dovzetni za številne bolezni, vključno s ptičjo kolero, aspergilozo in kokcidiozo.
* Človeški poseg: Majhne modre pingvine lahko motijo človeške dejavnosti, kot so čolnarjenje, ribolov in plavanje. To lahko privede do stresa, poškodb in celo smrti.