Medtem ko so rjave oči najpogostejša barva oči za nemške pastirje, lahko tudi:
* Amber oči: Topla, rdečkasto rjava barva.
* Modre oči: Manj pogost, vendar mogoče.
* heterochromia: Z dvema različnima barvnima očesama. To je redko, vendar se lahko pojavi pri nemških pastirjih.
Barva oči nemškega ovčarja je določena s količino melanina, ki je prisotna v Irisu. Bolj melanin, temnejše so oči.