- Ime ladje lahko izhaja iz zastarele stare angleške besede "beagle", kar pomeni majhno ladjo ali ladijsko čoln. Ta beseda je bila uporabljena že v 14. stoletju za nanašanje na majhno, rahlo oboroženo ladjo, ki je bila uporabljena za izvid in zalog.
- Druga možna razlaga je, da je ime navdihnil kanal Beagle, ozko vodno pot, ki se nahaja med Čilom in Argentino. Kanal so v poznem 18. stoletju poimenovali britanski raziskovalci in možno je, da je bilo ime HMS Beagle izbrano v zvezi s to geografsko značilnostjo.
- Nekateri zgodovinarji tudi nakazujejo, da je na ime HMS Beagle morda vplival pristanišče Beagle v Avstraliji. Pristanišče se nahaja na severnem ozemlju, leta 1838 pa so ga poimenovali britanski raziskovalci, tik preden se je HMS Beagle podal na svojo znamenito plovbo.