1. Zmanjšana genetska raznolikost: Selektivna vzreja lahko privede do zmanjšanja genetske raznovrstnosti znotraj populacije. Omejitev paritvenega bazena z izbiro le določenih osebkov lahko zmanjša variabilnost genov v populaciji, zaradi česar je lahko bolj dovzetna za bolezni, okoljske spremembe ali druge izzive.
2. Pajenje v sorodstvu in zdravstvene težave: Posamezniki v tesnem sorodstvu imajo lahko povečano tveganje za razvoj genetskih motenj in zdravstvenih težav zaradi parjenja v sorodstvu. Parjenje v sorodstvu je lahko posledica selektivne vzreje, kjer se posamezniki z želenimi lastnostmi večkrat parijo drug z drugim.
3. Izguba drugih lastnosti: Osredotočanje na selekcijo določenih lastnosti lahko privede do izgube drugih dragocenih lastnosti v populaciji. Na primer, pri selektivni vzreji za povečano proizvodnjo mleka pri kravah se lahko druge lastnosti, kot je odpornost na bolezni ali kakovost mesa, spregledajo in potencialno zmanjšajo.
4. Etični pomisleki: Selektivna vzreja vzbuja etične pomisleke, zlasti v primerih, ko gre za živali. Kritiki trdijo, da lahko vključuje prakse, kot so izločitev, umetno osemenjevanje in genske spremembe, ki bi lahko ogrozile dobro počutje in dobro počutje živali.
5. Omejena prilagoditev: Selektivna vzreja lahko privede do živali ali rastlin, ki so zelo primerne za določena okolja ali namene, vendar morda nimajo sposobnosti prilagajanja, da bi uspevale v spreminjajočih se razmerah ali različnih okoljih.
6. Izguba tradicionalnega znanja in biotske raznovrstnosti: V primeru tradicionalnega kmetovanja ali avtohtonih praks lahko selektivna vzreja velikih industrij spodkopava lokalno znanje, raznolike sorte pridelkov ter ohranjanje tradicionalnih pasem in ekosistemov.
7. Ekonomski stroški: Selektivna vzreja pogosto vključuje znatne naložbe, kot so infrastruktura, tehnologija, usposobljeni strokovnjaki in rejski programi, ki so lahko dragi in zahtevajo veliko virov.
Pomembno je omeniti, da se lahko posebni stroški in slabosti selektivne vzreje razlikujejo glede na organizme, ki se vzrejajo, obseg prizadevanj pri vzreji ter raven etičnih vidikov in uporabljenega znanstvenega znanja.