1. Sežig pri visoki temperaturi :Ta metoda vključuje sežiganje okuženih materialov, vključno s trupi obolelih živali in morebitno kontaminirano opremo, pri izjemno visokih temperaturah. Visoka vročina uniči povzročitelja BSE in prepreči njegov prenos.
2. Kemična dezinfekcija :Nekatere kemikalije, kot sta natrijev hidroksid (lug) in vodikov peroksid, so učinkovite pri uničevanju povzročitelja BSE. Te kemikalije se nanesejo na okužene materiale, kar povzroči denaturacijo beljakovin in inaktivacijo infektivnih prionov.
3. Sterilizacija s paro :Para pod visokim pritiskom in temperaturo lahko uniči tudi povzročitelja BSE. Ta metoda se pogosto uporablja za sterilizacijo medicinskih instrumentov in opreme, uporablja pa se lahko tudi za materiale, okužene z BSE.