Ker pa je čas Whittakerja napredek molekularne biologije in genetike privedel do globljega razumevanja evolucijskih odnosov med organizmi. Kot rezultat, nekateri biologi trdijo, da je sistem s petimi kraji pretirano poenostavljen in ne odraža natančno raznolikosti in zapletenosti življenja na Zemlji.
Ena glavnih kritik sistema s petimi kraji je, da temelji predvsem na morfoloških in ekoloških značilnostih, ne pa na evolucijskih odnosih. To lahko privede do umetnih skupin organizmov, ki niso tesno povezane. Na primer, kraljestvo Protista je kategorija za ulov, ki vključuje najrazličnejše organizme, ki nimajo skupnega prednika.
Druga kritika sistema s petimi kraji je, da je preveč toga. Ne omogoča enostavne namestitve novih odkritij in ne odraža dinamične narave evolucijskih odnosov.
Nekateri biologi kot alternativa sistemu s petimi kraji predlagajo uporabo bolj prilagodljivega klasifikacijskega sistema, ki temelji na evolucijskih odnosih. Ta pristop, znan kot filogenetska sistematika, uporablja molekularne podatke za konstrukcijo filogenetskih dreves, ki kažejo evolucijske odnose med organizmi. Filogenetska drevesa se lahko uporabljajo za identifikacijo monofiletnih skupin, ki so skupine, ki vključujejo skupnega prednika in vse njegove potomce.
Uporaba filogenetske sistematike je privedla do prepoznavanja novih skupin organizmov in revidiranega razumevanja evolucijskih odnosov med živimi organizmi. Na primer, odkritje Archaea, skupine enoceličnih organizmov, ki se razlikujejo tako od bakterij kot evkariotov, je privedlo do predloga sistema klasifikacije s šestimi kraji.
Če povzamemo, nekateri biologi trdijo, da je koncept petih kraljestev zastarel in da so potrebni bolj zapleteni klasifikacijski sistemi za boljše razumevanje raznolikosti in razvoja življenja.