Zlatokrila penica gnezdi v mladih gozdovih in obnavljajočih se posekah. Ti habitati so se močno zmanjšali zaradi sečnje, razvoja in zatiranja požarov. Zaradi tega je zlatokrila penica izgubila velik del svojega gnezditvenega območja.
Zajedavstvo v gnezdu rjavoglavih ptic
Rjavoglavi kravji ptič je parazit zaroda, kar pomeni, da odlaga jajca v gnezda drugih ptic. Zlatokrile penice so še posebej dovzetne za zajedavstvo rjavoglavih ptic, zajedavska gnezda pa so pogosto neuspešna.
Tekmovanje z modrokrilo penico
Modrokrile penice so tesno povezane z zlatokrilimi penicami in pogosto tekmujejo za iste vire. Modrokrile penice so bolj agresivne od zlatokrilih in jih pogosto prehitijo za hrano in gnezdišča.
Podnebne spremembe
Podnebne spremembe ogrožajo tudi zlatokrilo penico. S segrevanjem podnebja se območje razmnoževanja penice pomika proti severu. Zaradi tega penica prihaja v stik z novimi plenilci in tekmeci, prav tako pa penica težje najde primerna gnezdišča.