Pigmyjeve sove običajno jedo različne majhne živali, vključno z žuželkami, majhnimi glodalci in pticami. So oportunistični plenilci in bodo jedli vse, kar je na voljo plen.
Žuželke predstavljajo velik del prehrane pigmyjeve sove. Jedo različne žuželke, vključno z hrošči, moli, črkami in kobilicami. Pigmyjeve sove jedo tudi majhne glodalce, kot so voluharji, miši in škrlat.
Občasno bodo pigmyjeve sove pojedle majhne ptice. Običajno bodo ciljali na majhne, passerinske ptice, kot so vrabci, plavuti in čičerike.