Afriške vodne lilije uživajo številni organizmi, vključno s hipopotamusi, manate, vodnim bivolom, slonom, ribami in številnimi vrstami dvoživk in plazilcev. Žuželke, kot so vodni hrošči in pihali, lahko porabijo tudi nekatere dele rastline. Zlasti ribje vrste, kot sta tilapija in afriške pljučne ribe, aktivno pasejo na vodnih lilijah in igrajo pomembno vlogo pri nadzoru populacije. Nazadnje lahko nekatere ptičje vrste, kot so race, porabijo semena in druge rastlinske dele.