Pri plešastih orlih so primarni izločilni organi ledvice. Ledvice igrajo ključno vlogo pri filtriranju odpadnih snovi, kot sta sečnina in kreatinin, iz krvnega obtoka. Te odpadne proizvode se nato prepeljejo v Cloaco, ki je običajna komora za prebavni, urinski in reproduktivni sistem. Iz kloake se odpadni proizvodi izločijo iz telesa v obliki urina.
Poleg ledvic imajo jetra tudi pomembno vlogo pri razstrupljanju in izločanju presnovnih odpadkov pri plešastih orlih. Jetra pretvorijo strupene snovi v manj škodljive oblike, ki jih lahko nato učinkoviteje izločimo. Jetra igrajo tudi vlogo pri proizvodnji žolča, kar pomaga pri prebavi maščob in odstranjevanju odpadnih proizvodov skozi blato.