Medtem ko so plešasti orli običajno plenilci (na vrhu prehranske verige), jih lahko plenijo tudi druge živali, vključno z drugimi plenilskimi pticami, kot je velika rogala sova, ki lahko v svojih gnezdah napade plešaste orle. Medvedi in volkovi lahko občasno ubijajo in jedo plešaste orle. V nekaterih primerih lahko ljudje z lovom ali uničenjem habitata ogrožajo tudi plešaste orle.